Stara crkva je podignuta je na mjestu nekadašnje džamije i stajala je tu sve do 1784. godine kada je srušena te je 1785. godine postavljen kamen temeljac za izgradnju nove crkve na istom mjestu.
Nova crkva dovršena je 1795. godine.
Predstavlja jednobrodnu građevinu, sagrađenu u renesansi i u to doba smatrala se najljepšom katoličkom crkvom u Srijemu. Orijentisana je istok – zapad.
Bočno od crkve na južnoj strani bila je sagrađena zgrada crkvene škole koju su još kapucini osnovali, dovršena 1786. godine, a na sjevernoj strani zgrada Župnog doma, dovršena 1787. godina.
1817. godine crkva je dodatno restaurirana i konačno dovršen zvonik i na njega postavljena četiri zvona, baštinjena iz stare crkve, dar cara Josipa II koja su bila salivena u Beču.
Definitivan oblik u stilu ampira sa retardiranim baroknim elementima dobija 1848. godine nakon još jedne restauracije.
1894. godine crkva je dobila novo kube zvonika.
Fasada je urađena u stilu baroka te crkva predstavlja primer tipične graničarske crkve na našem području.
Unutrašnjost crkve je kroz povijest menjana i uređivana više puta.
U zapisima iz perioda kada je biskup Krtica posjetio Zemun krajem 18. stoljeća stoji da je: „…glavni oltar bio zidan, bez retabla, da je na žrtveniku bio podignut tabernakl od drveta te da je na zidu iza oltara, a nad ulazom u sakristiju bila smještena slika Marije pomoćnice kršćana. U presbiteriji, sa strane evanđelja nalazilo se sjedište sa klecalom, presvučeno crvenim baršunom određeno za biskupa, dok na strani epistole smještene su stolice, takođe presvučene crvenim plišem…Pred svetohraništem visilo je srebrno kancilo. Na početku lađe sa strane evanđelja, bila je postavljena priprosta propovjedaonica. Osim glavnog oltara, na početku podignuta su još dva pobočna oltara: Svetog Ivana Nepomuka i Svetog Fabijana i Sebastijana. Uz taj oltar bila je smještena krstionica od kamena sa kipom Svetog Ivana Krstitelja. Zidovi crkve bili su iskićeni zastavama. Ispovijedaonice nije bilo. Na koru su bile orgulje postavljene 1797. godine.“
U XX stoljeću, 1953. godine renovirana je spolja a 1960. godine i iznutra. U periodu 1975. – 1985. godine obnovljena je i dobija današnji izgled.
Unutrašnjošću dominira oltarski prostor sa polukružnom apsidom. Oltar se nalazi na istočnom dijelu, sakristija se nalazi iza njega, a na zapadnoj strani iznad ulaza je kor na kome se nalaze orgulje iz 1912. godine.
